MD5に欠陥。

Security

ハッシュアルゴリズムのMD5に欠陥が発見されたとのことです。

すでに多くのプロトコルではハッシュアルゴリズムSHA1に移行しており、これからはSH2(SHA256/384/512)への移行していくものと思われますが、ファイルのフィンガープリントなどにはまだまだMD5アルゴリズムが多く使用されていると思います。
ハッシュアルゴリズムはディジタル署名の要の1つでもありますので、安全なSHA1以上を使用することが必要です。
# IEに組み込まれているTrusted CAの証明書を見てみても、MD5 with RSAでディジタル署名しているものが多いですし。